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可能です。

Movable Type クラウド版は、Movable Type がインストールされたサーバーを提供するサービスとなります。
Movable Type の利用にはウェブサーバーが必須ですので、Movable Type クラウド版ではウェブサーバーも稼働しております。
そのため、FTPS でサイト公開領域にファイルをアップロードすれば、Movable Type から出力していないファイルであっても公開することが可能です。

ただし、独自ドメインでサイトを公開する場合は、Movable Type クラウド版の管理画面で、対象の独自ドメインのサイトを作成しておく必要があります。
独自ドメインでサイトを作成することで、ウェブサーバーに VirtualHost 設定が追加され、証明書などの設定が可能になります。

• サーバー証明書（SSL）の設定 | CMSプラットフォーム Movable Type ドキュメントサイト

例えば、独自ドメインが www.example.com の場合、管理画面のサイト作成時に「サイト URL」に「https://www.example.com/」と入力し、サイトを作成します。
ウェブサーバーの VitualHost によって対象ドメインのドキュメントルートが設定され、サイトの公開設定画面の「サイトパス」で確認が可能です。
https://www.example.com/ の場合、「サイトパス」は通常「/data/file/static/www.example.com」になりますので、そのディレクトリ配下にファイルを FTPS でアップロードしてください。
ほかのサーバーで独自ドメインを使用中の場合は、作業にご利用のクライアントマシンの hosts を編集し、独自ドメインの参照先を一時的に Movable Type クラウド版に向けて、サイトの表示確認をおこなってください。
https:// でサイトを公開する場合には、管理画面で証明書設定が必要になりますので、事前に証明書を設定してください。（証明書には「独自 SSL」と「Let's Encrypt」の 2 種類があります。「Let's Encrypt」を使用する場合には、あらかじめ DNS 設定で独自ドメインの参照先を Movable Type クラウド版に向けておく必要があります。）
サイトの表示確認で問題がなければ、対象ドメインの DNS 設定にて、対象ドメインの参照先を Movable Type クラウド版に変更し、本番運用を開始してください。

その他、注意点については以下のとおりです。

• Movable Type クラウド版はウェブサーバーによって nginx プランと Apache プランに分かれており、.htaccess は Apache プランでのみ利用可能です。
• Basic 認証や IP アドレスによるアクセス制限は nginx / Apache の両プランで利用可能です。nginx プランでは管理画面上での設定となり、Apache プランは .htaccess を設置するかたちでの対応となります。
• 独自 CGI ファイルは Apache プランでのみ利用可能です。ただし動作を保証するものではありません。詳細はこちらをご参照ください。
• 独自 PHP ファイルは nginx / Apache の両プランで利用可能です。ただし動作を保証するものではありません。詳細はこちらをご参照ください。
• .htaccess、独自 CGI ファイル、独自 PHP ファイルは、サイトの本番運用前に必ず Movable Type クラウド版上で動作を確認してください。
• Movable Type クラウド版のサーバーにほかの CMS などのソフトウェアをインストールすることはできません。