A.

管理画面上でのサイトの削除は、データベース上からサイトデータを削除するのみの操作となり、再構築で出力したファイルは削除されません。
公開しているサイト自体を非公開にするには、サイトパス配下にある出力済みのファイルを FTP などでサーバーから直接削除してください。