A.

できません。

Movable Type には HTMLUmask や DirUmask などのパーミッション変更用の環境変数がありますが、Movable Type クラウド版ではサービス仕様上許可しておらず、設定できません。

Movable Type クラウド版では、パーミッション変更することなく、独自 PHP や独自 CGI（Apache プランのみ）の実行が可能です。
もし何らかの事情でパーミッションを変更する必要がある（パーミッションを変更しないと実現できないことがある）場合には、サーバー配信機能を利用してお客様が別途用意したサーバーでサイトを公開し、配信先のサーバー側の設定でパーミッションを変更するなどの方法でご対応ください。