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旧バージョンのプラグインを plugins ディレクトリに残したままにしていることが原因です。

仕様上、plugins ディレクトリにアップロードしたプラグインはすべて Movable Type に読み込まれます。
旧バージョンのプラグインの名前を変更しても読み込まれるため、バージョンの異なる同じプラグインが存在する状態となり、エラーなどの問題発生の原因となります。

プラグインをアップデートする際は、念のためバックアップ目的で旧バージョンをダウンロードした後、サーバーから旧バージョンを削除してから新バージョンをアップロードしてください。