A.

Movable Type 7 r.4607 / Movable Type 6.6.0 にて「改行を変換」フォーマットの変換動作に関する最適化がおこなわれました。
この修正により「改行を変換」の変換ルールが変わり、HTML として適切でない箇所で出力されていた br タグや p タグが消去される場合があります。

入力内容	出力結果（旧方式）	出力結果（新方式）
apple bear car dog <pre> elephant fish horse ice </pre> <script type="text/javascript"> <!-- document.write("Text"); // --> </script>	<p>apple<br /> bear</p> <p>car</p> <p><br /> dog</p> <p></p> <pre> elephant fish <p>horse</p> <p><br /> ice<br /> </pre></p> <p><script type="text/javascript"><br /> <!--<br /> document.write("Text");<br /> // --><br /> </script></p>	<p>apple<br /> bear</p> <p>car</p> <p> dog</p> <p></p> <pre> elephant fish horse ice </pre> <script type="text/javascript"> <!-- document.write("Text"); // --> </script>

HTML としてより適切な内容に変換するようになりましたので、基本的にはそのままご利用ください。
過去に作成したページなどで一部デザインが変わる場合は、CSS などを使用して行間を設けるなどの方法でご対応ください。

環境変数「UseTraditionalTransformer」を設定し有効にすることで、仕様変更前の「改行を変換」の挙動に戻すことができます。
HTML として適切でない出力内容となるためおすすめはできませんが、もし CSS などでの対応が難しい場合にはこの環境変数で以前の挙動に戻すかたちでご対応ください。